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珊瑚礁群落内环境有异，其深度、温度、清晰度、宁静度及食物的种类随位置而改变，因此成千上万种生物都能找到所需的生存环境。估计有1400多种鱼、甲壳和贝类动物、海葵、蠕虫、海绵和鸟雀在大堡礁及四周安家;珊瑚只占其中10%。海参吐 出的细碎贝壳和沙粒沉人海底，就会填补珊瑚底基的裂缝，对保护礁石起着关键作用。
珊瑚礁的生态坏境平衡得异常微妙，稍有改变就会受到破坏。在20世纪六七十年代，刺冠海星的数量激增。由于刺冠海星会把消化液吐在珊瑚上，令珊瑚死亡，大堡礁的生态因而受到威胁。导致海星数目暴增的原固是游客捡光礁石上的海螺，而海螺这种食肉的软体动物，经常吃掉刺冠侮星，减少其数量。保护海螺，就能减少刺冠海星，但部分珊瑚礁的生态平衡必须花上几十年的工夫才能恢复。
大堡礁也是一座巨大的天然海洋生物博物馆。在辽阔澄碧的海面上，点缀着一个个色彩斑谰的岛礁，大礁套小礁，环礁包着泻湖，礁外波涛汹涌，礁内湖平如镜。礁上海水淹不到的地方，已发育了较厚的土层，椰树、棕榈挺拨遒劲，藤葛密织，郁郁葱葱，一派绚丽的热带风光。透过温暖清澈的海水，可看清400余种珊瑚所构成的密密丛丛海底"森林"，千姿百态，五彩缤纷。珊瑚丛中游戈着1500种鱼和4000种软体动物，这里也是儒艮和大绿龟等濒临绝灭动物的栖息之地。肥大的海参在蠕动，大红大黄的海星在爬动，奇形怪状的蝴蝶鱼、厚唇鱼穿梭如织，还有近1米的大龙虾、上百千克重的砗磲、潜伏礁中的石头鱼¨这里又是鸟类的乐园，成群的海鸟如云遮空，更为大堡礁增添勃勃生机。
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